Kỷ nguyên của Alex Ferguson (1986-1999)
Alex Ferguson thay thế Atkinson dẫn dắt đội và kết thúc mùa giải ở vị trí 11. Mùa giải tiếp theo (1987-88), United kết thúc ở vị trí thứ hai, với việc Brian McClair trở thành cầu thủ United đầu tiên sau George Best ghi được 20 bàn trong một mùa.
Tuy nhiên, United đi xuống vào năm 1989, với nhiều bản hợp đồng của Ferguson không được như sự trông đợi của người hâm mộ. Đã có sự suy đoán rằng Ferguson sẽ bị sa thải vào đầu năm 1990 nhưng chiến thắng tại vòng ba của FA Cup trước Nottingham Forest F.C. đã cứu vãn cả mùa giải và United đoạt vô địch FA Cup mùa này.
United giành chiến thắng tại Cúp các nhà vô địch Cúp quốc gia Châu Âu (European Cup Winners' Cup) vào mùa 1990-91, đánh bại nhà vô địch Tây Ban Nha Barcelona ở trận chung kết, nhưng ở mùa giải tiếp theo Manchester United để tuột chức vô địch giải quốc gia về tay địch thủ Leeds United. Trong lúc ấy vào năm 1991 câu lạc bộ được tung ra thị trường chứng khoán London với giá 18 triệu bảng Anh, do đó mang vấn đề tài chính của United ra trước công chúng, điều mà trước đó chưa từng xảy ra.
Vụ chuyển nhượng Eric Cantona vào tháng 11 năm 1992 mang đến cho United sức mạnh lớn, và họ kết thúc mùa giải 1992-93 với chức vô địch lần đầu sau năm 1967. Họ giành cú đúp (vô địch giải Ngoại hạng và FA Cup) lần đầu tiên vào mùa giải tiếp theo, nhưng huấn luyện viên huyền thoại đồng thời là chủ tịch câu lạc bộ Matt Busby mất vào ngày 20 tháng 1 năm 1994.
Ở mùa giải 1994-95, Cantona nhận án treo giò 8 tháng vì nhảy vào khán đài và tấn công một cổ động viên của Crystal Palace F.C.. Thua hai trận cuối cùng khiến cho United thành kẻ về nhì cả ở giải Ngoại hạng và FA Cup. Ferguson sau đó đã xúc phạm cổ động viên bằng cách bán đi các cầu thủ chủ chốt và thay họ bằng các cầu thủ từ đội hình trẻ. Tuy vậy các cầu thủ trẻ, một vài trong số họ sau này nhanh chóng trở thành những cầu thủ nổi tiếng thế giới, đã thi đấu tốt một cách đáng ngạc nhiên và United giành cú đúp lần nữa ở mùa giải 1995-96.
Họ đoạt vô địch giải Ngoại hạng năm 1997, và Eric Cantona chia tay với sự nghiệp bóng đá ở tuổi 30, sớm hơn một vài năm so với phần lớn các cầu thủ khác. United khởi đầu mùa giải tiếp theo một cách suông sẻ nhưng cuối cùng một loạt những chấn thương khiến họ về nhì cả giải Ngoại hạng Anh và FA Cup sau Arsenal F.C.
Cú ăn ba (1998–99)
1998-99 là mùa giải thành công nhất trong lịch sử câu lạc bộ, Manchester United trở thành đội bóng Anh đầu tiên đạt được cú ăn ba - vô địch cả giải Ngoại hạng Anh, FA Cup và Champions League trong một mùa giải. Trận chung kết Champions League hết sức thú vị khi United bị dẫn 1-0 khi trận đấu chỉ còn 1 phút, tuy nhiên hai bàn thắng ghi được ở phút bù giờ đã giúp họ giành được chiến thắng từ tay Bayern München. Hai tiền vệ trung tâm chủ chốt của United, Roy Keane và Paul Scholes, không được dự trận đấu này vì bị treo giò. Sau đó Ferguson được phong tước hiệp sĩ vì những đóng góp cho bóng đá Anh.
Vụ chuyển nhượng tiếp theo được cho là vô cùng thành công của Sir Alex chính là việc đưa về sân Old Trafford Cristiano Ronaldo từ CLB Sporting Lisbon với giá chuyển nhượng 12 triệu bảng vào năm 2004.07-08 là mùa giải vô cùng thành công với Ronaldo và MU khi anh đưa MU tới cú đúp UEFA Champion League và Premier League bằng 42 bàn thắng của mình.Sau mùa giải 2008-2009 két thúc, sự lo sợ của các fan Mu đã đến, Ronaldo tới Real Madrid với giá chuyển nhượng kỉ lục, 94 triệu euro, nhận mức lương khổng lồ:200000 bảng/ tuần sau thuế.
Sau cú ăn ba (1999 - 2009)
Alex Ferguson
United đoạt vô địch giải Ngoại hạng các năm 2000 và 2001 nhưng báo giới cho rằng những mùa giải này là thất bại vì đã thi đấu không thành công tại Champions League. Ferguson sử dụng lối chơi thiên về phòng thủ nhiều hơn khiến United khó bị đánh bại tại châu Âu nhưng điều đó đã không thành công, United kết thúc mùa giải 2002 ở vị trí thứ 3. Họ giành lại chức vô địch ở mùa giải 2002-03, nhưng phong độ đi xuống khi Rio Ferdinand nhận án treo giò 8 tháng vì bỏ lỡ một buổi kiểm tra doping. Họ chỉ vô địch F.A. Cup năm 2004, tuy nhiên đã loại Arsenal F.C. (vô địch giải Ngoại hạng Anh mùa này) trên đường đến trận chung kết.
Mùa giải 2004-05 United tiếp tục thi đấu không thành công vì khả năng ghi bàn kém cỏi, và United kết thúc mùa giải chỉ với một phần thưởng an ủi caling cup và chỉ về thứ 3 ở giải Ngoại hạng. Lúc này mặc dù chơi hay hơn Arsenal trong trận chung kết nhưng United bị thua sau loạt penalty. Cuối mùa giải đó Malcolm Glazer mua lại câu lạc bộ và biến nó thành tài sản riêng của mình.
United mở đầu mùa giải 2005-06 không suông sẻ, với việc đội trưởng Roy Keane rời câu lạc bộ sau khi chỉ trích công khai đồng đội, và sau khi thi đấu tệ hại ở vòng bảng, lần đầu tiên sau hơn 10 năm họ không được dự vòng đấu loại trực tiếp UEFA Champion's League.
Nhưng 3 năm sau đó là quãng thời gian tuyệt vời của MU, giành 3 chức vô địch Premier League liên tiếp, 1 cúp Champons League sau chiến thắng nghẹt thở trước Chelsea(2007-2008), 1 cúp thế giới Các câu lạc bộ tại Nhật Bản(2008-2009) và những thành công trên thị trường chuyển nhượng. Nhưng điều đáng tiếc nhất là MU đã không bảo vệ được chức vô địch Champons League năm 2008-2009 trước Barcalona. Và đó cũng là trận đấu cuối cùng của Ronaldo với MU.
Vụ tiếp quản của Malcolm Glazer
Vào ngày 12 tháng 5 năm 2005, Malcolm Glazer - một doanh nhân Mỹ - đưa ra lời đề nghị mua lại câu lạc bộ với giá khoảng 800 triệu bảng Anh (1.47 tỉ dollar Mỹ). Vào ngày 16 tháng 5, ông tăng lượng cổ phần của mình tại United lên 75% - một tỉ lệ đủ để đưa câu lạc bộ ra khỏi thị trường chứng khoán và trở thành tài sản cá nhân, đồng thời thông báo rằng điều đó sẽ được thực hiện trong vòng 20 ngày. Vào ngày 7 tháng 7, Glazer chỉ định các con trai là Joel, Avram và Bryan làm giám đốc, cùng lúc đó Sir Roy Gardner từ chức chủ tịch cùng với hai giám đốc khác.
Một vài người hâm mộ United bày tỏ sự lo lắng khi câu lạc bộ rơi vào tay Glazer đã để lại cho United khoản nợ 265 triệu bảng, họ lo rằng Manchester United sẽ không có tiền để cạnh tranh trên thị trường chuyển nhượng với Liverpool, Real Madrid hay Chelsea. Glazer khẳng định rằng Sir Alex vẫn có thể liên hệ mua các tên tuổi lớn; tuy nhiên các bản hợp đồng của Ferguson từ sau tiếp quản trở nên dè dặt không bình thường.
Mùa giải 2006-2007
Hiện nay, một kỉ nguyên mới đang hình thành trên sân Old Trafford. Ngày 6 tháng 11 năm 2006, Sir Alex Ferguson đã kỉ niệm trong 20 năm dẫn dắt Quỷ Đỏ. Mùa giải 2006/2007 bắt đầu, Manchester đã có được danh hiệu vô địch mùa Đông sau khi thua 2 trận, hoà 2 trận và thắng 14 trận, ghi được tổng cộng 41 bàn thắng (12 cái tên trong danh sách ghi bàn trong đó có 3 cầu thủ ghi 8 bàn là Saha - Ronaldo - Rooney) và để lọt lưới mình 9 bàn.
Manchester đã vô địch giải Ngoại hạng trước 2 vòng đấu sau khi thắng trận derby với Manchester City F.C. 1-0, trong khi Arsenal cầm hòa Chelsea 1-1 tại Emirates.
Mùa giải 2007-2008
Khác với việc chi tiêu khá dè dặt trong vài mùa giải gần đây, trước mùa giải 2007-2008, Manchester United đã không ngần ngại chi ra những khoản tiền lớn để mang về nhiều ngôi sao, đáng chú ý nhất là Carlos Tevez và Owen Hargreaves cùng hai ngôi sao trẻ Nani và Anderson.
Tuy được tăng cường về nhân sự, đương kim vô địch Giải Ngoại hạng Anh không có một khởi đầu như mong muốn. Họ mất hai trụ cột Wayne Rooney (chấn thương) và Cristiano Ronaldo (cấm thi đấu do thẻ đỏ) trong nhiều trận liền, cùng với việc Carlos Tevez chưa kịp hòa nhập với đội, hàng tấn công của Manchester United gặp rất nhiều khó khăn trong việc tìm kiếm bàn thắng.
Điều đặc biệt trong sự khởi đầu của mùa giải là chuỗi trận toàn thắng với tỉ số tối thiểu 1-0 trên khắp các mặt trận. Kết thúc chuỗi trận nghèo nàn về bàn thắng đó là chiến thằng đậm đà 4-0 trước Wigan thên sân nhà vào ngày 6 tháng 10 năm 2007. Ngày 20 tháng 10, Manchester thắng Aston Villa 4-1 và 27 tháng 10 Manchester giành chiến thắng 4-1 trước Middlesbrough; ngày 3 tháng 11 trên sân Emirates trận đấu giữa hai địch thủ là Arsenal và Manchester United kết quả hoà nhau với tỉ số 2-2.
Sau đó Manchester liên tục bám đuổi Arsenal trên bảng xếp hạng. Ở vòng đấu cuối của lượt đi, Arsenal bất ngờ bị Pormouth hạ trong khi MU có chiến thắng 4-0 ngay trên sân The Light của Sunderland, và MU trở thành nhà vô địch lượt đi.
Tuy nhiên không may là ngay sau đó thì họ lại thất bại trước một West Ham United, đôị bóng đã 2 lần vượt qua họ mùa trước. MU đang khiến người hâm mộ họ hết sức lo lắng
Tuy vậy MU đã giành chiến thắng 1-0 trước Birmingham City và tiếp tục bán đuổi Arsenal với 2 điểm ít hơn. Ngày 12-1-2008 sau trận hòa 1-1 thất vọng của Arsenal trước Birmingham các cầu thủ MU tràn đầy khí thế khi tiếp các cầu thủ Newcastle trên sân nhà và giành chiến thắng vang dội với tỷ số 6-0, với hat-trick của C.Ronaldo và đòi lại ngôi đầu.
Ngày 19-1-2008 MU tiếp tục giành chiến thắng 2-0 trước đội bóng khó chơi Reading và giữ vững ngôi đầu.
Trong khuôn khổ cúp FA MU sẽ gặp Tottenham Hotspur tại vòng 4 sau khi vượt qua Aston Villa tại vòng 3.
Tại Champions League Mu là đội bóng thi đấu xuất sắc nhất tại vòng đấu bảng với 5 trận thắng và 1 trận hòa. Tại vòng 2 MU gặp đương kim vô địch quốc gia Pháp Olympic Lyon.
Và ngày 11-5-2008, vòng đấu cuối đầy kịch tính giữa hai cặp đấu Manchester-Wigan và Chelsea-Bolton, khi 2 đội MU và Chelsea đều đồng điểm. Kết quả MU đã giành ngôi vô địch PL với 87 điểm (HS: 80-22), Chel 85 điểm(65-26) khi để Bolton cầm hòa 1-1
Tại Champions League Mu là đội bóng thi đấu xuất sắc nhất tại vòng đấu bảng với 5 trận thắng và 1 trận hòa. Tại vòng 2 MU gặp đương kim vô địch quốc gia Pháp Olympic Lyon, vượt qua AS Roma và Barcelona ở tứ kết và bán kết. Tại trận chung kết với Chelsea,họ dẫn trước 1-0 nhờ bàn thắng của Ronaldo nhưng bị gỡ hòa do công của Frank Lampard,tuy nhiên MU đã giành chiến thắng đầy vất vả sau loạt đá luân lưu kịch tính và giành được chiếc Cup C1 thứ 3 trong lịch sử câu lạc bộ.
Bên cạnh đó Cristiano Ronaldo cũng đã giành được danh hiệu tiền đạo suất sắc nhất UEFA Champions League và danh hiệu cầu thủ suất sắc nhất UEFA Champions League
Mùa giải 2008-2009
tiếp tục là mùa giải thành công của Mu.Họ đã sang bằng số lần vô địch giải ngoại hạng với Liverpool và vẫn thi đấu tốt trên các mặt trận.Ngôi vô dịch thế giới các câu lạc bộ là minh chứng cho điều đó...
Mùa giải 2009-2010
Đây là mùa giải đc dự đoán là khó khăn nhất trong những năm gần đây của Mu,với sự ra đi của T32 cùng CR7 hàng công của Mu sẽ có phần suy giảm...Nhưng hởi các fan của Mu,hảy tin tưởng vào Sir Alex. Mu sẽ típ tục thống trị giải ngoại hạng Anh và các đấu trường ở Châu Âu...
kakaka Mu vô đối.Mu mãi là No.1
Trang Chính 
